Применение победителем закупки, единственным поставщиком специального налогового режима либо освобождение его от обязанностей плательщика НДС не является основанием для

снижения цены контракта ни при его заключении, ни при исполнении на сумму НДС - в любом случае заказчик обязан оплатить выполненные работы по согласованной цене. 

В приведенной ситуации заказчик вправе внести изменения в смету, скорректировав этот документ с учетом применяемой системы налогообложения подрядчика (указав цену без НДС но учтя его при определение цен на материальные ресурсы). Договор в любом случае должен исполняться в соответствии с согласованными сторонами условиями о размере его цены (независимо от того обстоятельства, включает ли цена договора сумму НДС).

Нормы  44-ФЗ, предусматривающие случаи изменения цены, не допускают такого изменения в зависимости от применяемой контрагентом системы налогообложения. Положения законодательства не препятствуют сторонам, в частности, согласовать, что цена контракта включает НДС, не выделяя в контракте соответствующую сумму налога, при этом сумма НДС будет исчисляться поставщиком (подрядчиком, исполнителем) расчетным методом (п. 4 ст. 164 НК РФ).

Указание в договоре, что его цена включает в себя НДС, указывает на то, учитывается ли сумма НДС в цене договора или этот налог предъявляется покупателю (заказчику) к уплате сверх договорной цены.

Таким образом, контракт заключается и оплачивается заказчиком по цене, предложенной контрагентом, либо, в случае заключения контракта с единственным поставщиком, согласованным с контрагентом, вне зависимости от вида применяемой им системы налогообложения